Di sebuah tempat penelitian nuklir di eropa (CERN), di bawah pengawasan Pastor Silvano dan Dr. Vittoria Vetra, CERn membuat antimateri dalam bentuk yang bisa terlihat, tidak seperti sebelumnya. Kemudian, Silvano pun terbunuh dan kemudian 1 dari 3 antimateri itu pun hilang diambil. Pada saat yang sama, Paus Pius XVI di Roma meninggal dunia dan kemudian Gereja di Vatikan pun dalam keadaan Sede Vacante (jabatan Paus sedang kosong).
Dr. Robert Langdon, seorang ahli simbol pun dipanggil ke Vatikan untuk penyelidikan, kemudian ia pun bertemu dengan Dr. Vetra. Mereka pun diperlihatkan video ancaman oleh Illuminati, yang menunjukkan bahwa keempat Preferiti (calon kuat Paus) telah diculik dan akan dibunuh setiap jamnya. Robert pun menjelaskan bahwa ini adalah balas dendam Illuminati terhadap peristiwa La Purga, dimana beratus tahun lalu, Gereja menculik 4 ilmuwan Illuminati dan mengecap dadanya dengan simbol suci. Dan kemudian berdasarkan video tadi, Robert pun mengatakan bahwa mereka akan membunuh Preferiti satu per satu dari jam 20.00, 21.00, 22.00, dan 23.00. Pada saat jam 24.00, mereka akan meledakkan antimateri itu, yang berfungsi sebagai bom karena ledakkannya yang dahsyat dengan mengambil oksigen di sekitarnya dan meledakkannya. Mereka pun ditugaskan untuk mencari keempat Preferiti itu dan mencegah bom itu agar meledak. Disana pun juga tersedia kamera tersembunyi, yang menunjukkan bomnya, tetapi tidak diketahui letaknya, karena kamera tersebut nirkabel. Carmelengo (Paus sementara dalam keadaan Sede Vacante) pun memrintahkan untuk mematikan listrik bergiliran agar mengetahui dimana letak bom tersebut.
Kemudian Robert pun meminta izin untuk melihat buku Galileo. Dan kemudian mereka pun masuk ke perpustakaan di Vatikan dan menemukan bukunya dari tanda yang selalu keluar dari buku-buku Illuminati, yaitu 503. 5 adalah angka yang penting bagi Illuminati, tetapi jika diubah ke angka romawi (DIII), itu akan menjadi judul buku ketiga dari Galileo. Kemudian, mereka pun membuka halaman 5 dan menemukan tulisan dalam bentuk tanda air. Kemudian pada saat Robert mencoba untuk membacanya, Vetra pun mencabut halaman itu dan keluar dari sana karena sudah tidak ada waktu lagi.
Mereka pun ke sebuah gereja dan menemukan makam Raphael, dan kemudian mereka mengetahui bahwa mereka salah tempat. Mereka pun ke kapel Chigi di dalam gereja Santa Maria del Popolo, disana pun terdapat obelisk, dan disana mereka menemukan lubang neraka. Mereka membukanya dan mereka menemukan Kardinal Ebner (satu dari keempat Preferiti) terkubur disana dan kemudian tercap di dadanya, tulisannya "Earth" dalam bentuk anagram.
Kemudian, mereka pun harus menemukan Preferiti yang satunya lagi sebelum terbunuh. Dari petunjuk sejauh ini, Robert pun mengetahui bahwa Bernini yang mendesain Basilika St. Petrus, dan disana juga terdapat obelisk. Kemudian, Robert, Vetra, dan kepolisian Vatikan pun mencari patung yang mengandung unsur udara, dan kemudian Robert pun menemukan ada ukiran yang mengandung unsur udara. Dan kemudian, jam pun menunjukkan jam 21.00. Kemudian ada anak kecil yang bonekanya terjatuh dan menemukan Kardinal Lamasse yang tertusuk paru-parunya dan dadanya yang dicap "Air". Anak itu pun berteriak dan semua orang pun kesana. Vetra pun mencoba untuk memberi nafas buatan dan kemudian darah pun keluar dari paru-parunya yang berlubang. Kemudian, dalam genggaman Kardinal tadi, terdapat sebuah kertas.
Kemudian, Dr. Vetra pun mengetahui dari Carmelengo bahwa Paus mengalami penyakit tertentu dan diberi obat Tinzaparin. Jika obat tersebut diberi dengan dosis berliebih, dalam 7 hari, bibirnya pun akan berubah menjadi ungu dan lidahnya menjadi hitam. Kemudian jurnal Dr. Vetra pun tiba di Vatikan. Kemudian, Robert pun meminta izin untuk kembali ke perpustakaan dan kali ini dia diawasi, kemudian listrik pun dimatikan, karena pemadaman listrik bergilir pun masih berlanjut. Kamrena ruangan itu disuplai oleh oksigen dari ventilasi udara yang dikendalikan oleh listrik, persediaan oksigen pun menipis. Untungnya, Robert pun seudah menemukan tempat selanjutany, tetapi ia tidak bisa keluar dari ruangan tersebut karena pintunya tertutup. Penjaganya pun mencoba untuk menelepon markas, tetapi tidak bisa karena dinding tersebut dilapisi oleh timah. Mereka pun mencoba memecahkan jendela, dan mereka pun berhasil, dan kemudian listrik menyala kembali. Mereka pun dalam perjalanan ke Gereja Santa Maria della Vittoria dan disana mereka pun menemukan Kardinal Guidera digantung terbakar. Mereka pun mencoba untuk menurunkannya, tetapi sang penjahat pun masih disana dan menembak seluruh petugas polisi. Rantainya pun hampir terlepas dan Kardinal tersebut pun mati terbakar, dengan dadanya dicap tulisan "Fire". Sang pembunuh tadi pun melihat Robert kabur, tetapi dia hanya membiarkannya saja.
Kemudian, Robert pun meminjam peta yang menunjukkan seluruh Gereja, dan mengambil pulpen petugas. Dan ia pun menyadari, bahwa tempat pembunuhan tersebut berbentuk salib, dan tempat terakhir yang mereka harus tuju adalah Piazza Navona (terdapat obelisk juga disana). Mereka pun sampai disana sebelum jam 23.00. Disan mereka menemukan van abu-abu di pinggir kolam. Ketika kedua petugas itu mendekat ke sana, mereka pun dibunuh dan dimasukkan ke dalam van tersebut. Pada saat tepat jam 23.00, ia pun memasukkan Kardinal Baggia ke dalam kolam dalam keadaan terikat di sebuah pemberat. Robert pun menyelamatkannya, dan ia berhasil. Ia pun menanyainya, di mana ia disekap, dan ia menjawab di Castel Sant'Angelo (Kastil Malaikat). Mereka pun mengirimkan pasukan khhusus kesana.
Sesampainya mereka di sana, mereka pun mengikuti petunjuk dari patung malaikat yang menunjukkan arahnya dengan anak panah. Dan kemudian, mereka pun kembali keluar, karena berakhir di jalan yang buntu. Tetapi kemudian, Robert dan Vetra pun menemukan Pentagram yang mengarahkan pada jalan rahasia. Mereka pun menemukan sang pembunuh disana, dan ia pun kabur. Pada saat dia kabur dan masuk ke dalam mobilnya, mobilnya pun meledak ketika dinyalakan.
Di dalam Vatikan, mereka pun menemukan Carmelengo pun di cap dadanya, dan kemudian mereka membunuh kepala Swiss Guard. Kemudian dalam genggaman kepala Swiss Guard, terdapat sebuah kunci, mereka pun menemukan bahwa kunci tersebut mengarah kepada kunci dari kamera tersembunyi yang dipasang. Setelah mengamankan bom, Carmelengo pun dikejar karena berdasarkan kamera tersebut, Carmelengo sendiri yang mengecap dadanya. Dan ekmudian Carmelengo bunuh diri dengan membakar dirinya sendiri.
Kemudian, Vatikan pun mengungumkan kematian Carmelengo, dan kemudian mereka telah menujuk Paus yang baru, Paus Lukas I. Dengan Cardinal Strauss sebagai Carmelengo yang baru. Kardinal Strauss pun memberi "Diagrama Veritatis" kepada Robert, yang selama ini meminta Vatikan untuk membacanya. Dan ia diminta untuk mengembalikan buku itu kembali ke rumahnya jika ia sudah selesai membacanya dan membuat buku berdasarkan itu.